IRSにファイルの必要があるのか？

ご質問の内容は全ての状況を把握しないとなかなか判断が難しい問題です。ご質問の中にいくつか重要なポイントが含まれているので、それを書かせていただきます。もし全てがpoppokuroさんにとって有利になれば息子さんはその利息を収入として申告する必要はないかもしれません。正しい判断のためには税理士などの助言を仰ぐのが良いと思います。

• ジョイント口座

まずジョイントに息子さんの名前を加えた時点で、これが税法上、贈与（Gift)に当たる可能性があります。この場合、贈与税がpoppokuroさんに掛かる可能性があります（永住権を放棄してもすぐに外国人として米国の課税から逃れられるかどうかは状況によって変わります）。
ただし、既にpoppokuroさん名義で口座があったのですから、poppokuroさんが主たる（Primary）所有者となり、必ずしもすぐに贈与とはならないかもしれません。

• 扶養家族

息子さんは27歳ということですから通常であれば扶養家族（Dependent）には当たりません。そのため、「$900以上の利息がある場合・・・」と書かれている部分はそのままでは当てはまりません。もし息子さんがDependentになることができる理由があり、それをご存知で書いていらっしゃるのであれば、この限りではありません。

• 1099-INT

通常、1099-INTは口座のPrimary Holderにだけ送付されます。poppokuroさんは1099-INTを受け取りましたか？明示的に息子さんへ利息の割り当てを行わない場合、IRSはそれを全てpoppokuroさんの利息とみなすのが普通です。

上記のことから、ジョイントに名義を加えたのが贈与とみなされず利息収入が全てpoppokuroさんのものとみなされれば、息子さんはファイルする必要はありません（poppokuroさんは利息収入を申告する必要があります）。または扶養家族に当てはまらず、収入が他になければ息子さんはファイルの必要がありません（その場合、父親はDependentとして息子さんを申請することができません）。

また、押し付けがましい意見となってしまうかもしれませんが、今後も息子さんに何らかの経済的な支援をされることをお考えでしたら、(日本からでは難しいかとは思いますが）こういった状況に詳しい弁護士や会計士と相談されでは如何でしょうか？Trust（信託）を利用すれば今回のような税金や起こりうるその他の面倒な問題を回避できる可能性があります。

最終的には会計士さんに聞くのがベストですが、質問をうまくまとめて聞けば答えもはっきりしたものになりますから、一助になれば幸いです。

贈与扱いになるかどうかですが、これはケースバイケースだと思います。ジョイントにしたからすぐに贈与ではないかもしれませんので、会計士さんにどうすれば贈与扱いにならないか、聞いてみてください。

1099-INTについては、銀行側はW8-BENが提出されているので必要なしと判断したのかもしれません。1099-INTがIRSに発行されていなければ、IRSは利息を知る方法がなく、自己申告だけが情報源となります。

仮に利息が息子さん、あるいはpoppokuroさんご本人のものとしてアメリカでは申告が必要なくても、日本では必要があるかもしれません。Alimonyは日本では税金の対象とはならないとの事ですが、利息に関しても同様か、日本の税理士や税務署で確認すると、より安心だと思います（日本の税法は詳しくないので、結局は非課税となるかもしれませんが）。

永住権放棄＝アメリカでの納税義務回避とはならない例が下記のページに載っています。少し古い資料ですので、金額などは変わっているでしょうし、適用範囲も変わっているかもしれませんから、これも会計士に聞く必要があります。
http://www.deloitte.com/dtt/article/0,1002,cid%253D127885,00.html

年収や滞在日数で全く問題ないのであれば、アメリカでの納税義務は発生しません。この規則は主に高額収入もしくは高額資産がある人が海外に移住してアメリカの税金を避けるのを防ぐためのものです。

なお、繰り返しになってしまいますが、一番のキーポイントは息子さんが父親のDependent扱いになるかどうかというところですのでご確認ください。