レジデントですが日本の収入だけで今年タックスファイルします。

私の理解があっているかも自信がないのですが、同じ収入に対して1116と2555は同時には使わないはずです。どちらを使うか、というのがご質問の意図であれば、金額やらそのほかの収入によってどちらが有利かも変わりますし、Foreign Earned Income Exclusion が使える条件も変わるので、何とも言えません。

日本の源泉徴収票も10年以上も見てないので良く覚えてませんが、1040の基本的な考え方としては、まず総額を記入し、その後、DeductionやCreditで引いていく、というパターンになります。Exclusionを使う場合は2555のLine 45にある通り、注釈を付けて収入からExclusion分を引くことになります。Creditの場合は、1040の2枚目に記入する事になります。

ただ、上記のことは一般的な事（＋かなり前の経験からの情報）なので、もし可能であればこういったケースに詳しい税理士などに頼むのがいいと思います。最初の年に頼んで書類を準備してもらい、仕組みが分かれば次の年は自分で出来るかもしれません。

インターネットの掲示板（FI Planningの掲示板も含めて！)の情報では、その人の状況すべてを見て答えているわけではないので、部分的にしか正しくないことがあります。勝手な解釈で間違った金額を記入して後で追徴課税をされた、などと言う事になってはいけませんので、もし分からなければプロに頼むというのがベストだと思います。余りお役に立てなくて申し訳ないのですが・・・

(専門家ではありませんので発言に責任は持てません・・・あしからず・・・・)

Fed.TaxはNobuさんがおっしゃるように総額(Gross Income)を申請しなくてはいけません。
あたりまえといえばあたりまえですが、Fedは日本の源泉税の事など知ったこっちゃ無いのです(笑

しかし日米租税条約によって、日本で収めた税金は2重課税をさせないための方法がしっかり用意されています。
日本で源泉徴収された税金をItemize DeductionかForeign Tax Creditとして申請することによって、2重課税を回避できます。
(Foreign Tax Creditの方が節税効果は高いのが基本です)
# 余談ですが租税条約が無い国での源泉徴収はどうなるのか個人的には興味深いです
# 少なくともTax Creditは無理でしょうが、Itemize Deductionの可否はどうなのか・・・

State Taxは州ごとに違います・・・基本的に日本と租税条約でも無い限り(存在する州があるかは知りません。私はCAしか住んだこと無いので・・・)、
日本で徴収された税金は認識されないというスタンスの元で話を進めた方が安全です。
「州名　Foreign Tax」などのキーワードでgoogle先生に尋ねれば情報が出てきそうです(もしくは州のFranchise Tax BoardのWeb上で検索)。

なので残念ながらタックスどうしましょさんが州税のある所にお住まいの場合は州税に関しては2重課税される可能性が高いです。

このあたりを踏まえた上で自ら行うか、アドバイザーに頼むかを決めると良いのではないでしょうか。
以前の日本での源泉に関しての話が、
http://www.fiplanning.com/node/2048
や
http://www.fiplanning.com/node/2036
あたりでなされてたりします(このころ私はゲストでしたねえ)

どのようなステータスで滞在なさってるのかや滞在日数に依りますが、ご主人自身はNon Residentの可能性が高いですが、夫婦の片方がアメリカでresidentである場合はTax Returnに関してはご主人もResident扱いされるはずだと記憶しております。
(この理屈によって、Married Filing Jointly申請が出きるようになっている、と理解しています)

これはCAでも同じです(多分全州で同じ・・・じゃないですかね？)

https://www.ftb.ca.gov/forms/2011/11_1031.pdf
California FTBの1031ドキュメントによれば(ちょっと前にもリストを出した記憶がありますが 笑)、
•Amount of time you spend in ­California versus amount of time you spend outside ­California.
•Location of your spouse/RDP and children.
•Location of your principal residence.
•State that issued your driver’s license.
•State where your vehicles are registered.
•State in which you maintain your professional licenses.
•State in which you are registered to vote.
•Location of the banks where you maintain accounts.
•The origination point of your financial transactions.
•Location of your medical professionals and other healthcare providers (doctors, dentists etc.), accountants, and attorneys.
•Location of your social ties, such as your place of worship, ­professional associations, or social and country clubs of which you are a member.
•Location of your real property and investments.
•Permanence of your work assignments in ­California.
がresident test(の一部)ですから、2番目でご主人自身も税制面ではCA Residentになるかと思われます。

一つ忘れてました。

私が"CAではForeign Tax Creditが出来ない"と日頃言ってる根拠も上の1031に書いてありますので、ご覧になるとよろしいかと思います。
(p.9)
Foreign Tax Credit or Foreign Earned
Income Exclusion
California does not allow a foreign tax credit or a foreign
earned income exclusion. If you claimed the foreign
earned income exclusion on your federal return, include
the amount of your foreign earned income exclusion on
Schedule CA (540NR), line 21f, column C.

もっとも、私は専門家では無いですから発言に責任は持てません・・・といつもの文言を書かせていただきます。

詳しくは、やはりCA Tax Bookletを見てもらうしかないのですが、540 CA(California Adjustment)は1040の項目と一致させて書く(事が要求されている)ものですから、deductされるされないに関わらず1040に合わせる必要があります。
1040のline 34の値は540CAのline 34 "AとB"(Cには入れない)へ。

その上で540CAを読んでみていただければ解るのですが、line 36(控除合計)を出すところには、
"Add line 23 through line 31a and line 32 through line 35 in columns A, B, and C. See instructions"
と書かれているはずです。
で、line37 A, Bに他のAdjustmentとともに合計値を書きます。
この540CA line 37 A,B,Cは540で使います。540の13~17でCaliforniaでのAGIを出すのですが、これは
13 <- Federal AGI
14 <- 540CA line 37, B
15 <- 13 - 14
16 <- 540CA line 37, C
17 <- 15 + 16 (=CA AGI)
と使いますので、すなわちTuition and Feesだけに注目すれば、540CA line 37 BにはTuitionAndFeesが、Cには0が入ってるはずなので、
CA AGI = FedAGI - Line37B + Line37C = Fed-AGI - TuitionAndFees + 0となり、Tuition and FeesはしっかりDeductされる(ように見える)はずです。
と、私は理解していますが、あくまでも私見です。
# Tax Bookletでは"California does not conform to federal law regarding the tuition and fees"と書かれているのですけど、従ってるように見えるのが気になりますねえ

Tax Softwareならば、この辺を考慮しつつ最適解(deduct or credit)を出してくれるはずです(笑
書き方や読み方は知ってるけど、私は一回も自分で書いたことが無いので、激しく間違ってる可能性は大です(笑

間違ってたらツッコミをよろしくお願いします。

いえ、"Foreign Earned Income Exclusion"は受けれないはずです。あれは国外に住むCitizen/Resident用の話です。
詳しくは、私が昨晩の記事で挙げたpub 54を見てください。

行うのはForeign Tax "Credit"です。
おっしゃるようにDeductionにするとItemizeしなくてはならなくなるので、Standard Deductionが使えません。
Creditで申請すればItemize/Standardに関わらず税金から差し引くことが出来ます。
同様に上記記事内、Pub 514をお読み頂ければと思います。

まあ、専門家じゃないので間違ってる可能性は大です。私の話は眉に唾をたっぷりつけてお聞きください。

ああ、今よくpublicationを読んだらPhysical presence testってFiling Status関係なしに、片方がパスでもOKみたいですね。

いずれにせよ、専門家に任せておけばOKでしょう(笑
面白いケースだと思うので、差し支えなければどういう結果になったのか(Filing StatusとかForeign Incomeの取り扱いとか)後日教えていただければと思います。