Sep Ira についての質問です。

Small Businessが利用できるリタイアメントプランの情報はどれも分かり難いですよね。私の調べた限りでは、SEP IRAの場合、拠出するのは常に雇用者(Employer)側で、従業員ではないようです。オーナー自身が従業員でもあれば（社長とか役員とかで）、受け取っている給料の25%もしくは$53,000のどちらか少ない方まで会社が拠出して良いということだと思います。但し、SEP IRAは全従業員に同じ割合（％）で拠出しなければならないので、オーナーだけ何％、雇っている人は何％というように別の割合にしてはいけないようです。

オーナー個人ではなく会社で開設される、というのはおそらくですが、会社として拠出するので会社が従業員用の口座を金融機関に依頼して開くということかと思います。

もう既に読んでいらっしゃるかもしれませんが、IRSのこのPublicationには目を通しておくと良いと思います。
https://www.irs.gov/pub/irs-pdf/p560.pdf

このFAQも全体像をつかむには分かりやすいです。
https://www.irs.gov/Retirement-Plans/Retirement-Plans-FAQs-regarding-SE…

後は口座を解説するつもりの金融機関（Mutual Fund会社など）で具体的なところは聞けるだけ聞いて、税金の扱いは税理士に聞く、という感じでしょうか。