Foreign Tax Credit] 勤務先から受け取ったStockのうち一部を日本の税務署に申告した場合のの処理について

一部よくわからない部分があるのですが、「損益通算」とあるところからすると、株式についてはRSUか何かでもらった株を売却して得た譲渡所得があって源泉徴収を受けており、不動産についてはそれを売却して譲渡損失が出ていて、最終的に確定申告でこれらを通算して源泉徴収額からの還付を受けたということでしょうか？

なるほど、とすると不動産の方は賃料のような収入があって、そこから減価償却等を経費として差し引き、さらにその結果を株式付与からの給与所得と通算しているという感じでしょうか。そうだとすると私の経験の範囲と被る部分がほとんどないのであまり有益なコメントはできそうにないですが、foreign tax credit(FTC)を含めた日本源泉所得の税金処理に関する私の理解と経験から言えそうなこととしては以下の通りです。

まず、日本でrefundがあったというだけでFTCが適用できないということはないと思います。実際、IRS Pub514でも、foreign taxのrefundがあった場合の処理についての記載(Foreign Tax Redeterminationの項参照)がわざわざあります。

次に、ご質問の内容からだと、アメリカでの課税について株による給与所得のみを想定しているようにも読めますが、不動産からの所得(およびそれに関する経費の控除)もアメリカでの申告・課税対象になるのではないでしょうか？このあたりは、租税条約上日米の一方のみでの課税になるようなケースもあり得ますが、もしそうでないとするなら、給与所得も不動産からの所得とそれにかかった経費もすべてアメリカでも申告し、それら全体に対して日本に払った税金(還付額を調整した確定税額)をFTCとして請求して二重課税を防ぐ、というのが一般的な処理になるように思います。

ただ、上記の通り、私個人はこうした所得や日本での還付が絡んだ場合のFTCの処理をした経験はない(またもちろん専門家でもない)ので、まったく的外れかもしれません。もしこうしたことを経験済みの方からのコメントがあればそちらがより正しいでしょうし、最終的には他の税理士さんのsecond opinionを取ることも必要かと思います。

還付やW-2記載の有無はさておき、租税条約上日本では非課税ということになるのであればFTCは請求できないでしょうね。IRS Pub514にも、租税条約が適用される場合はそれによって軽減された範囲までのforeign taxしかFTCの対象とできない旨の説明があります。

(いまこのPub514の"Foreign tax refund"のところを見ていてふと思ったのですが、相談された税理士さんはrefundされた部分の税金にはFTCは適用できないということを言っているだけということはないでしょうか？全額がrefundされているのでない限り、そのことと、refundの有無でFTC適用全体の可否が決まることは別の話のはずです)

租税条約上どうなのかという点については、給与所得なので14条2項の条件に該当するかどうか(するなら居住地国であるアメリカでのみの課税になる)という話になるのかと思いますが、ご質問のような場合にこれに該当すると言えるのかどうかは私にはわかりません。14条2項が該当する例としてよく挙げられるのは非居住地国への短期出張期間に相当する給料を居住地国のみでの課税にするというものですが、そういう例とは明らかに違うようですので。もしこれに該当すると言えるのであれば、日本の税務署にその旨を申告して給与分に対する税金全額を還付してもらうのが正しい手続きでしょうし、その場合は当然アメリカ側でのFTC請求もできない(し、そもそも二重課税部分もないのでその必要もない)ということになります。