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書かれている内容からだけでは実際に何が正しい数字だったかが判断できませんので、チェック項目だけ書いてみます。

まず、State Income Tax Refundですが、２０１８年（または２０１７年、後述）のRefundがいくらだったのか、その数字がIRSのレターと一致しているか、確認するべきです。この数字が違っていた場合、何かの間違いでしょうし、最悪は誰か別人がなりすましてRefundを受けていた可能性も疑う事になります。

Refundの数字があっていた場合、自分がその金額を正しく申告したかを確認します。レターによると$100だったと書いてあるということはRefundを申告はした事になるので、なぜそうなったのかを確認する必要があります。入力間違いや意味が分からず違う数字を入れてしまったのか、何か理由があってその数字になったのかと思います。

それと２０１８年のTax ReturnではStandard Deductionを選択しましたか、Itemized Deductionを選択しましたか？StateのRefundが関係してくるのはItemizeした時だけなので、Standard Deductionであったのなら、IRS側のミスという事もありえます。

もし自分が正しかったと思われる場合、それをIRSに説明する必要がありますが、それ自体を正しい用語で説明するのは難しいかと思います。また、自分が正しかったと確証を得るにはソフトを使っているだけでは判断がしにくいかと思います。もし納得がいかない部分があれば、会計士などに相談、という事になります。もしかしたら元の申告が間違っていて、修正申告をしたら追加で払わなくても良いかもしれません。

それと２０１８年度と書いてありますが、StateのRefundが２０１７年にあり、その申告を２０１８年にした分が問題なのか、２０１８年のState Refundを２０１９年に申告した分が問題なのかで、見るべき年が違ってきますのでご注意ください。

と、ここまで書いて思ったのは、もしかして２０１８年の連邦税のTax Returnを用意する際、State Refundの金額として２０１９年にもらえる分（Stateの２０１８年の申告分のRefund)を入力したという事はありえませんか？２０１８年の連邦税の申告には２０１８年にもらったRefundの金額を書くのですが、２０１８年にもらったという事は２０１７年分のState Refundとなります。その辺りの年度の間違いがなかったか、再確認されてはいかがでしょうか。