米国資金の日本への移動方法について

よほど手馴れていない限り小切手はやめたほうがいいかと。

$ checkから円現金への換金という形を考えているのだと、実際には取り立て依頼という形になるので手数料がバカ高くなります。取り立て依頼って結局顧客から見えないところで為替送金してるだけです。その上で小切手自体の送付も入りますから手数料も高くなるわけです。
通常、小切手1枚あたり手数料(1000~5000円)がかかり、その上で従量課金(総額に対して%)されます。
そして何より時間がかかります(一ヶ月とか)。
単純な米国内でのcheck depositのようには行かないです。
格安手数料を謳う小切手換金専門会社もありますが、ああいったのは「海外から小切手が送られてきた」という選択肢が無い人向けです。
送金の方が安い、早い、安全。

ただシティバンクを利用するという手があります。日米双方で口座を持ってる(ないしは日本側で換金時作成)ことおよび小切手がシティの小切手であることが条件ですが手数料がかかりません。とはいっても、自分名義の口座なら送金自体が一定額($10k/month?)が無料ですが。
シティの為替レートの良し悪しは知りません。

一番のおすすめは小切手化せずに現金を送る手法です。
ここのサイト検索で「送金」と検索すれば今までの質問&回答がみれますから、それで自分に合った方法を模索するのが良いかと思います。
私個人は大抵においてXE TradeというCanadaの為替専門会社を使っていますが、決してベスト解では無いと承知した上で利用しています(笑

注意事項としては、もし帰国後に米側銀行口座を少しの間でも維持する(言い換えれば帰国した後に送金する)ならW8-BENを出しておくべきです(市民やGC持ちで無い限り)。一応銀行にも海外居住者になる場合に関しての注意を聞いておくのがいいでしょう。それぞれポリシーが違うので。