IRAを引き出しました。1040の記載場所は？

まずIRAからの引き出しで、First-time Home Buyerで回避できるのは１０％のペナルティだけです。IRAの引き出しには通常の所得税が掛かりますので、Incomeを同じ扱いです。自分の貯金とはいえ、IRAへ拠出するときに税金控除になっていて、引き出すときに税金がかかることになっています（つまり、税金の後払いです）。そのことを理解した上で1040の記入を考えると理解しやすいと思います。

Tax Act を使うということなのでおそらくフォームへの記入は正しく質問に答えればやってくれると思います。おそらくこうなるだろうということを書いておきますが、もしかしたら違っているかもしれないので、ソフトの入力の際に必ずどういう意味の質問か確認してください。

15aと15bには引き出した金額を書くことになると思います。これは所得税が掛かる通常の引き出し扱いになるからです。32 はIRAへ拠出した時に控除する分ですから引き出した場合は関係ありません。58のAdditional Taxとはペナルティのことです。ここは5329を正しく記入すれば0になるはずです（つまり、ペナルティは無し）。

5329では引き出した金額などを記入しますが、Line 2にペナルティの対象とならない金額を記入します。First-time home buyerでペナルティが掛からないのは$10,000までだったはずです。この行を注意深く読むと、Exception Number を書けと書いてあります（金額の欄ではなく、説明欄の下線部分に書きます）。この番号は下記のInstructionに載っていて（３〜４ページ目にかけて）、09です。

http://www.irs.gov/pub/irs-pdf/i5329.pdf

また、ちょっと大変かもしれませんが、IRAの引き出しに関するPublicationも読んでおくと良いかもしれません（Instructionとほぼ同じ内容かと思います）。
http://www.irs.gov/pub/irs-pdf/p590b.pdf

もしかしたらかえって混乱させてしまうかもしれませんが念のため、もしIRAへの拠出の一部がnon deductible(after tax)だったとすると、引き出し額の一部は非課税になるはずです。この場合は過去の申告でform 8606を提出しているはずなので区別はつきやすいでしょう。(もともとのご質問にはform 8606の言及がありませんでしたし、わざわざnon deductibleな拠出をする人は最近なら普通Roth IRAにconvertしていると思うので、おそらく該当しないとは思いますが…)