アメリカPayroll　Withholdingの設定について

いつも興味深く拝見させていただいております。

所得に対しての連邦税、収税のWithholdingについて質問があります。よろしくお願いいたします。

レイオフこそされていないものの、去年から自宅待機のような状態になり、今年も7月頭の時点で所得はゼロでした（失業手当はもらっていました）。

7月下旬より、会社から「仕事が入った」と連絡があり、毎日長時間労働です。8月中旬までの短期プロジェクトで、本来であればNon-exemptなので残業手当がつきませんが、今回は残業手当を払う、といわれました。最初に給与を手にするのは8/15の予定です。残業手当を含めると１つのPaycheckあたりの税控除前の額（Gross　Amount）が大きくなるので、控除の設定を変えたければ早いうちにW-4など提出しろ、と言われました。

ちなみにADPなど大手Payroll会社では、人間ではなく機械が自動的に所得税率を算出しており、その元となるのはいわゆるサラリー（年俸）ではなく、毎回のPaycheckごとのGross Amountだと理解しております。例えばAさんの年俸が12万ドルであっても、１度でもGrossが2万ドルのPaycheckが切られたら、機械はAさんの年俸を「２万ドルｘPaydayの数」と計算し、例えばAさんが年に２４回Paydayがあるなら機械はAさんの年俸は「2万ドルｘ24回＝48万ドル」だとした上で、年俸48万ドルという前提で税率を算出し、控除するのだとか。（この部分、説明が下手だったり、間違っていたらすみません）

これが事実だとすると、残業手当を含めたGross Amountｘ１年の給与支払い回数で私の税率が算出され、控除されることになりますよね？ということは、実際払うべき税金よりも多い額の税金が控除されることになるんだと思います。

私は前もって多く（所得に対する税金を）払っておくことは別に構いません。ただ確定申告時に1000ドル以上の税金支払いがあれば、控除が足りなかった、ということでペナルティーが課せられると理解しており、それは避けたいです。

ただ、今回の場合多めに控除されることはあっても、少なめに控除されることはないと思うので、会社側が「W-4などの修正は今のうちに」という理由が分かりません。会社に聞いても同僚に聞いてもピンときません（同僚はWithholdの額を増やすと言っていますが、理由はあいまいで、私の疑問は晴れません）。

私はシングルでDependentもいないので、今もW-4などの書類上ではAllowanceの数は１です。401ｋは事情があり今は天引きしていません。何かW-4上などで変更する必要はあるでしょうか？

わかりにくかったり、私の理解が間違っていたらすみません。
アドバイスをどうぞよろしくお願いいたします。